Ibn Ubay turut terlibat dalam konflik Nabi Muhamad dengan suku lain Yahudi, Bani Nadir. Sejarawan Ibn Ishaq menulis bahawa apabila Muhammad mengarahkan suku Yahudi meninggalkan Madinah dalam masa sepuluh hari, "Orang-orang tertentu di Madinah yang tidak beriman menghantar mesej kepada Bani Nadir dan berkata, 'Pertahankan diri kamu sendiri, kita tidak menyerahkan kamu kepada Muhammad. Jika anda diserang, kami akan berjuang dengan kamu dan jika kamu meninggal dunia, kami akan menziarahi kamu. " . Orang ini dikenalpasti sebagai Ibn Ubai. Waqidi melaporkan bahawa pada mulanya Ibn Ubai berusaha membawa perdamaian. Apabila bantuan yang dijanjikan tidak menjadi kenyataan, Bani Nadir menyerah kalah dan Muhammad mengusir mereka dari kota Madinah.

Bagi Watt,ini contoh di mana Ibn Ubai mengkritik Muhammad secara lisan dan berterusan selama dua tahun berikutnya.